對於馬英九冀兩岸簽訂和平協議，台灣有學者直言，台海目前不存在所謂兩岸關係，已形成中美兩國「共管台灣」的局面，而兩岸領導人提出簽訂和平協議，也是中美兩國的共識，預料馬英九在5月20日就任總統前首先訪問的國家會是美國。

台灣中興大學國際政治研究所所長蔡東傑昨日在「大選後政治新情勢」分析會上表示，未來已經沒有所謂的兩岸關係，取而代之的是中美兩國共管台海的格局，去年中共總書記胡錦濤提出兩岸簽訂和平協議主張，而馬英九也提出簽訂兩岸和平協定，兩人都是向美國表示一個姿態。「台灣現夾在中美兩國之間，台灣能操作的空間不多，中美也達成了以共管台灣的這種形式來解決台海問題。」他還表示，馬英九當選符合中美兩國的利益，「其實美國並不介意哪個候選人當選總統，只要他不製造社會、政治動亂，美國希望台灣保持現狀。」蔡東傑料，馬英九在5月20日就任總統之前，第一站訪問的國家是美國，馬會向美國政府講述他將來的施政政策。

4至8年內不訪大陸

馬英九蕭萬長競選總部主任秘書汪誕平則表示，連戰數年前訪大陸與胡錦濤達成的胡連共識，國民黨給予肯定，但怎樣積極落實，要看未來兩岸之間的協商，以及是否能積極推動。而馬英九核心智囊、國民黨立委吳育升指出，根據馬英九提出的不統、不獨、不武三不原則，相信在他任期的4年或8年內都不會訪問大陸。他並稱，馬英九上任後的第二天(5月21日)，是世衛組織(WHO)大會召開的日子，大陸是否應該有鬆綁的思維，重新看待台灣問題，讓台灣在世衛上有多一點的空間。